Im frühen Mittelalter liegt Schondorf im Machtbereich des Adelsgeschlechts der Huosi. Ein Mitglied dieses Geschlechts, Graf Engildeo, schenkt seinen Besitz in Schondorf um 750 an das Kloster Benediktbeuern.
Seit Mitte des 12. Jahrhunderts erscheinen die Grafen von Dießen-Andechs und ihre Dienstmannen in Gestalt eines Konrad von Schondorf als Inhaber der weltlichen Herrschaft. Nach dem Aussterben der Andechser 1248 und der Älteren Linie der Schondorfer treten die Wittelsbacher in deren Rechte ein. Die Grundherrschaft über zahlreiche Oberschondorfer Güter erbt das Augustinerchorherrenstift Dießen. Nach der Gründung des Klosters Andechs gehen die Unterschondorfer Fischlehen und grundherrliche Rechte über Güter am See nach und nach an das Kloster über, das zum größten Grundherrn in Unterschondorf wird.
Im 15. Jahrhundert wechselt die weltliche Herrschaft einige Male, ehe Erhard von Perfall, Burgvogt zu Greifenberg, 1507 endgültig die Herrschaft erlangt. Ober- und Unterschondorf werden Teil der Hofmark Greifenberg, die Perfall üben die niedere Gerichtsbarkeit bis 1848 über die Einwohner beider Dörfer aus. Um 1750 ist Oberschondorf mit 66 Anwesen das größte Dorf innerhalb der Hofmark. Unterschondorf zählt damals 40 Anwesen.
Mit der Aufhebung der Klöster Dießen und Andechs in der Säkularisation 1803 gehen die grundherrlichen Rechte an den bayerischen Staat über. 1809/11 werden auf der Grundlage des Steuerdistrikts die eigenständigen Gemeinden Ober- und Unterschondorf gegründet. Die Aumühle wird der Gemeinde Unterschondorf zugeteilt.